XII stulecie może uchodzić za „złoty wiek” kongregacji św. Frygidiana. W ciągu tego stulecia otrzymała liczne przywileje protekcyjne od papieży i cesarzy. Papież Paschalis II (1099–1118) podporządkował jej kapitułę katedralną w Citta di Castello oraz ponownie sprowadził ją do bazyliki laterańskiej. Członkami kongregacji św. Frygidiana byli dwaj kolejni papieże: Celestyn II (1143–1144) i Lucjusz II (1144–1145). Kanonikom nadane zostały także dwa tytularne kościoły kardynalskie w Rzymie: S. Maria Nuova (1141) i S. Croce in Gerusalemme (1144). Na podstawie przywilejów papieskich, każdy kardynał diakon S. Maria Nuova, oraz każdy kardynał prezbiter S. Croce in Gerusalemme, musiał wywodzić się ze wspólnoty św. Frygidiana.
Wiek XIII zapoczątkował schyłek kongregacji. W 1299 papież Bonifacy VIII odebrał kanonikom regularnym bazylikę laterańską i utworzył w niej świecką kapitułę z kardynałem archiprezbiterem na czele. W ciągu XIV wieku kongregacja utraciła swoje kościoły w Rzymie na rzecz oliwetanów (S. Maria Nuova w 1352) i kartuzów (S. Croce in Gerusalemme w 1370). W XV wieku większość podległych jej wspólnot przyłączyła się do kanoników regularnych Kongregacji Laterańskiej. Ostatecznie w 1517 kongregacja św. Frygidiana w całości połączyła się z kanonikami laterańskimi.