Po wybuchu II wojny światowej, kampanii wrześniowej i agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 został aresztowany przez funkcjonariuszy NKWD obwodu dubieńskiego. Był więziony w Równem. 28 marca 1940 został przewieziony do więzienia przy ulicy Karolenkiwskiej 17 w Kijowie (więzieni w Równem i wywiezieni tego samego dnia do Kijowa byli także inni polscy oficerowie: Karol Jeżowski i Rudolf Ksieniewicz). Wiosnę 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD i pogrzebany w Bykowni, gdzie 21 września 2012 został oficjalnie otwarty Polski Cmentarz Wojenny w Kijowie-Bykowni. Jego nazwisko znalazło się na tzw. Ukraińskiej Liście Katyńskiej opublikowanej w 1994 (został wymieniony na liście wywózkowej 41/3-224 oznaczony numerem 830).
15 maja 2011, w ramach akcji „Katyń... pamiętamy” / „Katyń... Ocalić od zapomnienia”, został zasadzony Dąb Pamięci Franciszka Góreckiego w Parku Ignacego Jana Paderewskiego w Toronto (Kanada).
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 2603 Krzyż Niepodległości – 20 lipca 1932 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”. Srebrny Krzyż Zasługi Medal Pamiątkowy za Wojnę 1918–1921 Medal Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości