Choć hamartoma jest uważana za zmianę łagodną, to w 3-6% przypadków obserwuje się przemianę gruczolakowatą.
Nowotwory złośliwe Pierwotne nowotwory złośliwe jelita cienkiego: gruczolakorak (adenocarcinoma) rakowiak (carcinoid) chłoniaki (lymphoma) nowotwory podścieliskowe przewodu pokarmowego (GIST)nie wszystkie GIST są nowotworami złośliwymi mięsaki (sarcoma)
Jelito cienkie jest rzadką lokalizacją przerzutów, klinicznie istotne przerzuty do tego narządu występują w 1-2% przypadków, choć w badaniu pośmiertnym występują znacznie częściej. Zwykle pojawiają się w zaawansowanych stadiach choroby nowotworowej. Najczęstszymi nowotworami przerzutowymi jelita cienkiego jest czerniak, rak jajnika, rak płuca, rak piersi.
Gruczolakorak
Jest to najczęstszy nowotwór złośliwy jelita cienkiego, stanowi około 30-40% nowotworów złośliwych jelita cienkiego. Najczęściej jest zlokalizowany w dwunastnicy.
Rakowiak
thumb|Rakowiak w jelicie cienkim Rakowiak stanowi około 30% nowotworów złośliwych jelita cienkiego. Najczęściej jest zlokalizowany w jelicie krętym, a rzadziej w dwunastnicy.
Chłoniaki jelita cienkiego Chłoniaki stanowią 15-20% nowotworów złośliwych jelita cienkiego, najczęściej są zlokalizowane w jelicie krętym. Zwykle są to chłoniaki nieziarnicze z limfocytów B.