Wobec zagrożenia konfliktem zbrojnym w sierpniu 1939 został przydzielony do kadry zapasowej Szpitala Okręgowego nr 1 w Warszawie. Po wybuchu II wojny światowej, kampanii wrześniowej i agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 w nieznanych okolicznościach dostał się do niewoli sowieckiej. Był osadzony w obozie w Starobielsku. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Charkowie i pogrzebany potajemnie w bezimiennej mogile zbiorowej w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie. Figuruje na Liście Starobielskiej NKWD, pod poz. 713.
Życie prywatne Jego żoną była także lekarka Wida Wanda z domu Jellinek, oboje należeli do Izby Lekarskiej Warszawsko-Białostockiej, zamieszkiwali w Warszawie, do wiosny 1933 przy ulicy Wawelskiej 38, a od tego czasu przy ulicy Nowowiejskiej 7 m. 2. Mieli syna Jana (ur. ok. 1931) i córkę Agnieszkę (ur. 1935), która później w tożsamości Agnes Muszynska została naukowcem w Stanach Zjednoczonych. Wanda Galinowska Wida była lekarzem podczas powstania warszawskiego. Po wojnie zamieszkała w Bydgoszczy, gdzie na jej wniosek tamtejszy sąd rejonowy uznał za zmarłego Zdzisława Galinowskiego.