Głównym zadaniem Kanału Nowonoteckiego jest doprowadzenie wody do nawodnień kompleksów melioracyjnych o powierzchni ok. 1813 ha. Według Instrukcji rozrządu wody Górnonoteckiego Systemu Wodno-Gospodarczego nawadniano za jego pośrednictwem następujące kompleksy łąk: Krotoszyn Łąki o powierzchni 367 ha Kanał Kruszyński o powierzchni 464 ha Prądki – Przyłęki – Brzoza o powierzchni 982 ha Obecnie nawadniany areał jest znacznie mniejszy, a rzeczywiste zużycie wody niższe. Woda wykorzystywana jest głównie do nawodnień łąk i pastwisk w okolicach miejscowości Prądki – Przyłęki – Brzoza poprzez hamowanie przepływu urządzeniami piętrzącymi na długości około 10 km. Następnie poprzez system rozrządowy w Przyłękach kierowana jest na Kanał Kruszyński i Łąki Krotoszyńskie. Kanał Przyłęki za pośrednictwem budowli rozrządowej w okresie wegetacji dostarcza wodę do Kanału Kruszyńskiego.