Według IOC jemiołusznik należy do monotypowego rodzaju Zaratornis. Niektórzy autorzy, np. Snow (1973) czy Fjeldså i Krabbe (Birds of the High Andes, 1990) włączają ten rodzaj do Ampelion. Snow swoją decyzję uzasadnił podobieństwem upierzenia jemiołusznika do upierzenia przedstawicieli Ampelion, a zwłaszcza andowca obrożnego (A. rufaxilla). Według Johna Farranda (Jr.) pod kątem zachowania jemiołusznik wykazuje podobieństwo do andowca czarniawego (A. rubrocristata) (patrz sekcja Ekologia). Ponadto przedstawicieli obydwóch rodzajów cechuje monomorfizm płciowy i monogamia, co również ma świadczyć o ich pokrewieństwie. Z drugiej strony, czaszki przedstawicieli tych dwóch rodzajów wykazują zbyt duże różnice, by uznać ptaki za kongeneryczne.
Na podstawie badań blisko 2100 par zasad, pochodzących z mitochondrialnego i jądrowego DNA ustalono, że rodzaje Zaratornis, Phytotoma, Ampelion oraz Doliornis tworzą klad, do którego Berv i Prum włączają jeszcze bławatnikowca (Phibalura flavirostris). Według alternatywnej klasyfikacji Zaratornis jest taksonem siostrzanym wobec pozostałych czterech rodzajów. Na drzewie filogenetycznym opracowanym przez wspomnianych autorów i ilustrującym czasy rozejścia się kladów linia ewolucyjna Zaratornis swój początek bierze 22 mln lat temu.