W marcu 1999 rozpoczęły się naloty sił NATO na FR Jugosławii (Operacja Allied Force), wskutek których doszło do przerwania rozgrywek sezonu 1998/99 po 21 kolejkach. Rozgrywki nie zostały dokończone, a do Prvej ligi SR Јugoslavije awansowały po dwie czołowe drużyny każdej grupy w trakcie przerwania rozgrywek.
lata 1999-2004 Sezon Region Mistrz Wicemistrz 3. miejsce 1999/00 Sjever (Północ) FK Belgrad RFK Novi Sad FK Radnički Belgrad Zapad (Zachód) FK Zeta Golubovci FK Mladost Lučani FK Novi Pazar Istok (Wschód) FK Napredak Kruševac FK Železničar Lajkovac FK Budućnost Valjevo 2000/01 Sjever (Północ) FK Mladost Apatin FK Proleter Zrenjanin FK Radnički Belgrad Zapad (Zachód) FK Mladost Lučani FK Borac Čačak FK Železničar Lajkovac Istok (Wschód) FK Zvezdara Belgrad FK Hajduk Belgrad FK Dubočica Leskovac Jug (Południe) FK Rudar Pljevlja FK Bokelj Kotor FK Mogren Budva 2001/02 Sjever (Północ) FK Radnički Obrenovac FK Budućnost Banatski Dvor RFK Novi Sad Zapad (Zachód) FK Javor Ivanjica FK Borac Čačak FK Bane Raška Istok (Wschód) Radnički Nisz FK Napredak Kruševac OFK Mladenovac Jug (Południe) FK Mogren Budva FK Budućnost Podgorica FK Mornar Bar 2002/03 Sjever (Północ) FK Budućnost Banatski Dvor FK Mladost Apatin FK Radnički Belgrad Zapad (Zachód) FK Borac Čačak FK Bane Raška FK Šumadija 1903 Kragujevac Istok (Wschód) FK Napredak