Na stanowisku zastępcy dowódcy 25 puł. walczył w kampanii wrześniowej. Po agresji ZSRR na Polskę, 27 września 1939 k. Władypola, w drodze do granicy z Węgrami, dostał się do niewoli sowieckiej. Początkowo był osadzony w Samborze, Szepetówce i od 18 października w Putywlu. Ostatecznie w listopadzie 1939 został przeniesiony do obozu jenieckiego w Kozielsku. Między 7 a 9 kwietnia 1940 przekazano go do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa 017/3 z 1940. Między 9 a 11 kwietnia 1940 został zamordowany w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne, jednak Marian Korczak nie został zidentyfikowany. W Archiwum Robla wymieniony jako komendant Baraku II w obozie w Putywlu, w pamiętniku znalezionym przy szczątkach Mieczysława Jankowskiego (pakiet 02483-05).