W wieku 24 lat wstąpił do klasztoru zen. W jakiś czas potem przybył do klasztoru Shōkoku w Kioto, aby praktykować u słynnego z wyjątkowego rygoru mistrza zen Daisetsu Shōena (1797–1855). Praktyka pod jego kierunkiem była tak surowa, że mistrz ten zmuszał do opuszczenia klasztoru uczniów nie potrafiących się dostosować. Kōsen praktykował u Daisetsu przez siedem lat. Następnie mistrz posłał go do klasztoru Sōgen w Okayamie, prowadzonego przez mistrza zen Gisana Zenraia (zm. 1877). Pod jego kierunkiem Kōsen osiągnął oświecenie.
Po tym doświadczeniu Kōsen kontynuował praktykę i studiował pod kierunkiem wielu innych mistrzów. Następnie prowadził liczne małe świątynie zen.
Jego dojrzałe lata jako mistrza zen dzieli się na dwa równe okresy, które pokrywają się z czasem, gdy był opatem Eikō-ji w Iwakumi (lata 1858–1875) i następnie opatem Engaku-ji w Kamakurze (lata 1875–1892). W obu tych świątyniach zen Kōsen utrzymywał porządek i dyscyplinę, a szczególnie poświęcił się ukierunkowywaniu swoich uczniów. Obie świątynie zostały także przez niego rozbudowane. Oba te miejsca znacznie się różniły, gdyż Eikō-ji był miejscem spokojnym, w którym wiele czasu przeznaczał na pisanie. Natomiast Engaku-ji był dużym i znanym kompleksem klasztornym znajdującym się w byłej stolicy.