W wyniku obustronnych pogromów, do których doszło po śmierci Ndadaye, zginęło prawdopodobnie od 30 tys. do 100 tys. ludzi. Od 400 tys. do 700 tys. Hutu uciekło do sąsiednich krajów.
Z powodu nieprzychylnej reakcji społeczności międzynarodowej, groźby wybuchu otwartej wojny domowej oraz braku poparcia ze strony umiarkowanej części elit Tutsi, puczyści już po kilku dniach byli zmuszeni oddać władzę nowemu rządowi cywilnemu. Umiarkowani politycy Hutu i Tutsi zdołali wówczas chwilowo powstrzymać wybuch konfliktu na pełną skalę. Nieudany pucz oraz będące jego konsekwencją wzajemne rzezie na tle etnicznym zniszczyły jednak rodzący się międzyetniczny konsensus oraz trwale zdestabilizowały państwo. Mimo prób znalezienia pokojowego rozwiązania konfliktu, podejmowanych w latach 1993–1996, sytuacja polityczna w Burundi stale się pogarszała, co doprowadziło ostatecznie do wybuchu otwartej wojny pomiędzy zdominowaną przez Tutsi armią a partyzanckimi ugrupowaniami Hutu. Cywilny rząd był konsekwentnie pozbawiany autorytetu i realnej władzy. W lipcu 1996 wojsko zerwało ostatecznie z pozorami demokracji i obaliło prezydenta Sylvestre Ntibantunganyę (Hutu z FRODEBU), przywracając do władzy poprzedniego prezydenta, Pierre’a Buyoyę (Tutsi).