W 1940, na mocy ugody niemiecko-radzieckiej, Kiszyniów wraz z Besarabią został anektowany przez ZSRR. W tym samym roku została z Tyraspolu do Kiszyniowa przeniesiona stolica Mołdawii Radzieckiej. W czerwcu 1941, w wyniku agresji Niemiec i sojuszników, w tym Rumunii na ZSRR, Kiszyniów znalazł się po raz drugi w granicach Królestwa Rumunii. Wtedy przez miasto przetoczyła się kolejna fala pogromów ludności żydowskiej, eliminując niemal całkowicie Żydów z tła etnicznego miasta. W 1944 Armia Czerwona ponownie zajęła Besarabię, a Kiszyniów na powrót stał się stolicą Mołdawskiej SRR. Po rozwiązaniu ZSRR w 1991 Kiszyniów stał się stolicą niepodległej Republiki Mołdawii.
Geografia Kiszyniów położony jest na nizinie w centrum kraju, w jednym z bardziej urodzajnych terenów (uprawa winorośli i innych owoców), nad rzeką Byk, prawym dopływem Dniestru. Kiszyniów jest jedną z najbardziej zielonych stolic Europy.