Rządzenie tak gigantycznym terytorium było niezmiernie trudne, więc mongolskie imperium zostało podzielone około 1261 roku na trzy części. Mongolia znalazła się w jednej części z Chinami pod władzą mongolskiej dynastii Yuan. W roku 1264 władca tego państwa Kubilaj przeniósł stolicę z Karakorum do Chanbałyku (dzisiejszy Pekin). Władza Mongołów w Chinach zakończyła się w roku 1368, gdy w wyniku antymongolskiego powstania władzę w Chinach przejęła dynastia Ming. Pięć lat później chińskie wojska zrównały z ziemią Karakorum. Południowa część Mongolii (obecna Mongolia Wewnętrzna) stała się częścią Chin, a reszta kraju rozpadła się na mniejsze państwa, które sporadycznie się jednoczyły. W latach 1626–1636 Mongolię Wewnętrzną opanowali Mandżurowie. Mongolię Zewnętrzną opanowali 55 lat później, będąc już wtedy władcami całych Chin. Uzyskała ona status federacji plemion pod protektoratem chińskim. mały|Klasztor Erdenedzuu chijd założony w XVI w. przy Karakorum, dawnej mongolskiej stolicy mały|Traktat o przyjaźni i sojuszu pomiędzy Mongolią a Tybetem podpisany w 1913 po ogłoszeniu przez oba kraje niepodległości od Chin mały|Pięczeć imperialna Bogd Chana Na początku XX wieku Chiny zaczęły zacieśniać swoją kontrolę nad Mongolią Zewnętrzną i rozpoczęły jej kolonizację. Spowodowało to zwrócenie się mongolskich książąt w stronę Rosji.