Po ataku Niemiec na ZSRR w charakterze przedstawiciela Stawki uczestniczył w obronie Odessy, Mikołajowa i Sewastopola. Od października 1941 był dowódcą wojsk na Krymie. Nieumiejętnie organizował obronę półwyspu, wojska niemieckie z marszu przerwały radzieckie pozycje na przesmyku i weszły na Krym, powodując ciężkie straty wśród wojsk podległych Lewczence.

W listopadzie 1941 został aresztowany przez organa kontrwywiadu, przyznał się do winy co do niepowodzenia ofensywy i paniki, zeznawał obciążając Grigorija Kulikowa. 25 stycznia 1942 został skazany na 10 lat pozbawienia wolności, lecz 31 stycznia 1942 został zwolniony, а 19 lutego 1942 zdegradowany do stopnia komandora. Od 11 kwietnia 1942 dowodził Leningradzkim, a od 25 czerwca 1942 – Kronsztadzkim morskim rejonem obronnym, zabezpieczał transport i zaopatrzenie wojsk w czasie przerwania blokady.

Od 9 kwietnia 1944 był zastępcą ludowego komisarza Marynarki Wojennej ZSRR. Od lutego 1946 dowodził 4 Flotą, od marca 1947 był zastępcą do spraw gotowości bojowej głównodowodzącego Marynarką Wojenną.