W 1539 generał zakonu dominikanów Agostino Recuperati odebrał konwentualnym zakonnikom z prowincji Lombardii Górnej kontrolę nad urzędem inkwizytorskim w Genui i przekazał ją w ręce zakonników ze zreformowanej (obserwanckiej) Prowincji Obojga Lombardii, utworzonej w 1531. Pierwszym obserwanckim inkwizytorem Genui był Stefano Usodimare.
W 1542 papież Paweł III utworzył w Rzymie Kongregację Rzymskiej Inkwizycji (Święte Oficjum), w celu zwalczania wpływów reformacji we Włoszech. Kongregacja ta w ciągu kilkudziesięciu lat przejęła kontrolę nad działalnością trybunałów papieskiej inkwizycji we Włoszech. W przypadku trybunału genueńskiego, nawiązanie ściślejszych związków z rzymskim Świętym Oficjum datuje się na urzędowanie inkwizytora Girolamo Franchi (1548–1567), który regularnie konsultował się z wielkim inkwizytorem kardynałem Michele Ghislierim. Kiedy Ghislieri w 1566 został papieżem Piusem V, doprowadził do wydania w ręce Świętego Oficjum niejakiego Bartolomeo Bartoccio di Civita di Castello, który był najważniejszym przedstawicielem włoskiej reformacji działającym w Genui. Nieco wcześniej, w 1558, doszło do pożaru siedziby trybunału.