W 1641 roku franciszkanie z Kustodii Ziemi Świętej rozpoczęli proces pozyskiwania gruntów w Kannie. Proces ten został zakończony w 1879 roku. Dla upamiętnienia tego wydarzenia powstała kaplica, rozbudowana w 1881 roku przez brata Aegidiusa Geisslera. W 1901 roku dobudowano obecną fasadę, a w dniu 30 września 1906 roku biskup Angelo Roncalli poświęcił ołtarz. W drugiej połowie lat 90. XX wieku Kustodia Ziemi Świętej rozpoczęła kompleksową renowację kościoła. Projekt został zrealizowany w ramach przygotowań do Wielkiego Jubileuszu Roku 2000. Przyjęto do realizacji projekt, według którego budynek miał posiadać dwa poziomy – dolny miał pokazywać pozostałości archeologiczne turystom i pielgrzymom, natomiast górny poziom został zarezerwowany dla sacrum. W 1997 roku przeprowadzono gruntowne badania archeologiczne, a całą renowację kościoła zakończono w 1999 roku.