W styczniu 2015 Alonso po dziesięciu latach powrócił do Meksyku, obejmując tamtejszą ekipę CF Pachuca. W pierwszym sezonie dotarł do półfinału decydującej o mistrzostwie ligowej fazy play-off, lecz podczas kolejnych rozgrywek nie zdołał się do niej zakwalifikować, co poważnie zachwiało jego pozycją w klubie. Ostatecznie zdecydowano się pozostawić go na stanowisku i już w sezonie Clausura 2016 wywalczył z Pachucą tytuł mistrza Meksyku (pierwszy od dziewięciu lat), po pokonaniu w dwumeczu finałowym Monterrey (1:0, 1:1). W tym samym roku jego podopieczni zajęli drugie miejsce w superpucharze kraju – Campeón de Campeones.
Statystyki kariery Klubowe Klub Sezon Kraj Rozgrywki Liga Puchar kraju Międzynarodowe Ogółem Mecze Gole Mecze GoleRozgrywki Mecze Gole Mecze Gole Bella Vista 1995 Segunda División – – – – 0≤ 0≤ 1996 – – – – 0≤ 0≤ 1997 21 19 – – 21 19 1998 Primera División 24 12 – – 24 12 1999 14 7 – CL 10 5 24 12 Gimnasia 1999–2000 Primera División 32 17 – – 32 17 Valencia CF 2000–2001 Primera División 20 2 1 0 LMU 12 6 33 8 Atlético 2001–2002 Segunda División 38 23 1 0 – 39 23 Racing 2002–2003 Primera División 22 1 1 0 – 23 1 Málaga CF 2003–2004 23 6 4 0 – 27 6 UNAM 2004–2005 Liga MX 32 14 2 1 LMC 4 1 38 16 Real Murcia 2005–2006 Segunda División 24 2 2 0 – 26 2 Nacional 2006–2007 Primera División 7 3 – CS 6 2 13 5 Shenhua