Pierwsze oskarżenie Żydów o bogobójstwo – spowodowanie śmierci Chrystusa – zostało wyrażone przez Melito, biskupa Sardes w 167 roku. Legalizacja chrześcijaństwa przez cesarza Konstantyna (Edykt mediolański w 313) i ustanowienie go religią państwową przez cesarza Teodozjusza (Edykt tesaloński w 380) spowodowały, że stosunek chrześcijan do judaizmu stopniowo stawał się stosunkiem państwa do Żydów. Cesarz Konstantyn zakazał m.in. konwersji chrześcijan na judaizm. Położenie Żydów pogarszały antyżydowskie pisma i homilie autorstwa nauczycieli Kościoła z IV w. (m.in. świętych Hieronima, Grzegorza z Nyssy, Hilarego z Poitiers, Jana Chryzostoma).
Kodeks Teodozjański z 439 roku określał upośledzony pod względem prawnym status Żydów, potwierdzony później przez kodeks Justyniana (Servitus Judaeorum). Sankcjonował szykany, np. zamykanie synagog, odbierał znaczenie zeznaniom Żydów w sporach z chrześcijanami, ale też gwarantował prawa do odrębności religijnej, autonomię sądowniczą oraz prerogatywy obywatelskie.
W Syrii w 415 roku w wyniku oskarżeń o mord rytualny fala rozruchów doprowadziła do spalenia lub konfiskaty wielu synagog, konfiskaty majątków Żydów oraz przymusowej konwersji na chrześcijaństwo pod groźbą wypędzenia.