Przez pierwsze cztery lata występów w MLB, grał głównie na pozycji łapacza, jednak podczas spring training 1992 roku został przekwalifikowany na drugobazowego, głównie w celu odciążenia nóg. W sezonie 1994 zaliczył najwięcej w National League double'ów (44), skradł najwięcej baz (39) i po raz pierwszy zdobył Złotą Rękawicę. Po rozegraniu 1800 meczów bez figurowania na liście niedostępnych graczy, 1 sierpnia 2000 w meczu przeciwko Florida Marlins odniósł kontuzję kolana, która wykluczyła go z gry do końca sezonu. Po przyjściu do zespołu w 2003 drugobazowego Jeffa Kenta, Biggio został przesunięty na zapole, jednak gdy Kent odszedł do dwa sezony później do Los Angeles Dodgers, Biggio powrócił na drugą bazę.
W 2005 Biggio po raz pierwszy w karierze wystąpił w World Series, jednak Astros przegrali z Chicago White Sox w czterech meczach. 28 czerwca 2007 w meczu z Colorado Rockies rozegranym na Minute Maid Park, zaliczył 3000. uderzenie w MLB i został 27. zawodnikiem w historii ligi, który tego dokonał. Po raz ostatni zagrał 30 września 2007.
Uhonorowanie 17 sierpnia 2008 wziął udział w ceremonii zastrzeżenia przez klub numeru 7, z którym występował podczas swojej kariery.