Radykalne reformy Soiliha, jego stosunek do tradycji i religii, upokarzający sposób traktowania dawnych elit, a przy tym brak widocznej skuteczności w zarządzaniu państwem sprawiły, że spore poparcie społeczne, jakim cieszył się na początku swych rządów, z czasem wyraźnie stopniało. Komory zmuszone zostały do korzystania z międzynarodowej pomocy żywnościowej. Coraz bardziej brutalne metody stosowane przez młodzieżowe bojówki skutkowały rosnącym oporem społecznym. Sytuację w państwie pogorszyły wydatki związane z repatriacją około 18 000 Komoryjczyków z Madagaskaru po tzw. masakrze w Majundze oraz erupcją Kartali. 13 maja 1978 przy niewielkim oporze sił rządowych doszło do zamachu stanu, po którym władzę objął triumwirat złożony z Ahmeda Abdallaha, Mohameda Ahmeda i Saida Atthoumaniego.
Dwa tygodnie po zamachu, 29 maja 1978 roku, Ali Soilih zginął w niejasnych okolicznościach. Według oficjalnej wersji został zabity podczas próby ucieczki. Natomiast według wersji przedstawionej później przez ówczesnego ministra Abbasa Djoussoufa Soilih został zamordowany z polecenia nowego rządu.