Porażka na Majotcie była punktem zwrotnym w rządach Soiliha. Po powrocie do Moroni, Soilih usunął z wyspy najemników, a 2 stycznia 1976 roku został oficjalnie wybrany Prezydentem Rady Rewolucyjnej Komorów. Sytuacja na wyspach była wyjątkowo trudna; po tym, jak rząd Komorów zwrócił się do Francji o usunięcie z wysp personelu wojskowego, archipelag (z wyjątkiem Majotty) wraz z wojskowymi opuścił także cały personel cywilny. Jeszcze wcześniej, po ogłoszeniu niepodległości, Francja wstrzymała pomoc finansową dla Komorów. Po objęciu pełnych rządów, Soilih zaczął urządzać państwo kierując się swymi poglądami polityczno-społecznymi. Braki kadrowe w administracji (aż do rządu włącznie) uzupełniał uczniami szkół średnich, zakazał niektórych komoryjskich tradycji – jak rozrzutnych uroczystości weselnych i pogrzebowych albo noszenia burek. Zalegalizował stosowanie konopi indyjskich. Sam będąc muzułmaninem, sprzeciwiał się komoryjskiej odmianie tej religii, którą uważał za skażoną przesądami i praktykami magicznymi – z tego względu ograniczył władzę islamskich sędziów i innych przywódców religijnych. Zreorganizował administrację terytorialną, w której kierownictwie wprowadził ograniczenia wiekowe (nie więcej niż 35 lat). Podjął działania na rzecz likwidacji analfabetyzmu.