Faktyczną władzę sprawował Bob Denard, który ostatecznie ugiął się pod groźbą interwencji zbrojnej ze strony Francji, i 15 grudnia poddał się siłom francuskim.
Pierwsze po śmierci Abdallaha wybory zapowiedziane zostały na luty 1989 roku. Jednakże na skutek problemów organizacyjnych oraz wykrytych prób oszustwa, ostatecznie pierwsza tura wyborów odbyła się 4 marca. Z ośmiu startujących kandydatów wygrał ją, uzyskując 24,35% poparcia, Mohamed Taki Abdulkarim; Djohar zajął drugie miejsce, z wynikiem 23,07%. W drugiej turze, 11 marca 1989 roku, wygrał Djohar z poparciem 55,06%.
Jakkolwiek na Komorach formalnie nadal obowiązywał zakaz działalności innych partii niż Komoryjska Unia dla Postępu (fr. Union Comorienne pour le Progrès), Djohar zezwolił na swobodną działalność polityczną. W krótkim czasie na wyspach pojawiło się około 40 partii. Prezydent podjął we współpracy z Międzynarodowym Funduszem Walutowym próby reform gospodarczych, które jednak zakończyły się całkowitym fiaskiem i praktycznym bankructwem państwa.