Kościół Matki Bożej z Pilar (, ) – rzymskokatolicki kościół w Valletcie, stolicy Malty. Stoi przy Triq il-Punent (West Street), pomiędzy Misraħ Indipendenza (Independence Square) i Triq San Kristofru (St. Christopher's Street). Sąsiaduje z Zajazdem Aragońskim.
Historia Kościół zbudowany został przez rycerzy języka Aragonii, których auberge z nim sąsiaduje. Kamień węgielny pod budowę kościoła położono 28 kwietnia 1674 roku za panowania wielkiego mistrza Nicolasa Cottonera. Fundatorem kościoła był wieloletni zarządca zajazdu Aragońskiego, bailif de Gaspe, Fra Felix Inniquez de Ayerbe.
11 stycznia 1693 w czasie silnego trzęsienia ziemi, które nawiedziło Maltę, świątynia została poważnie zniszczona, a kopuła uległa zawaleniu. W 1718 język Aragonii zatrudnił architekta Romano Carapecchię do zaprojektowania i poprowadzenia budowy nowego kościoła. Rycerze byli pod wrażeniem jego dotychczasowych projektów, więc nie mieli oporów przed przemodelowaniem przez Carapecchię starego kościoła. Całe przedsięwzięcie sfinansował wielki mistrz Ramon Perellos y Roccaful oraz bailif Majorki, Fra Raimondo de Soler.
Kościół Matki Bożej z Pilar stoi dokładnie naprzeciw domu, w którym 12 lutego 1880 urodził się św. Ġorġ Preca, pierwszy w historii maltański święty Kościoła katolickiego.