Do Warszawy powrócił pod koniec 1880 i rozpoczął pracę w prowadzonej przez Ignacego Baranowskiego klinice chorób wewnętrznych, w tym czasie był również ordynatorem w szpitalu św. Ducha. Równocześnie w pracowni prowadzonej przez Feliksa Nawrockiego prowadził badania nad procesem trawiennym. Po odejściu z kliniki prowadził własne ambulatorium, a pobrany materiał badał w laboratorium, które zorganizował w swoim mieszkaniu. Interesowały go głównie choroby układu pokarmowego, prowadził w języku polskim tajne wykłady z gastrologii, jego uczniami byli także pracujący w jego ambulatorium początkujący lekarze. Zainteresowania Mikołaja Rejchmana obejmowały również choroby nowotworowe, a szczególnie nowotwory przewodu pokarmowego. Przez ponad dwadzieścia lat prowadził statystyki 22 549 chorych, którzy byli leczeni w jego ambulatorium. Zainicjował powstanie w 1906 Polskiego Komitetu do Badania i Zwalczania Raka, który powstał przy Warszawskim Towarzystwie Higienicznym, był jego prezesem. Organizował prelekcje, odczyty, finansował wydawnictwa, ankiety i konkursy z nagrodami. Od 1886 był współwłaścicielem Gazety Lekarskiej.
W testamencie przeznaczył kwotę 69 tysięcy rubli na rozmaite fundusze społeczne, filantropijne i naukowe.