W październiku 1916 roku objął funkcję rektora Politechniki Warszawskiej. Wtedy też po raz pierwszy wybrana grupa studentów złożyła uroczyste słowne ślubowanie. Na początku maja następnego roku, w wyniku represji policji niemieckiej, studenci Politechniki Warszawskiej ogłosili strajk, który trwał do 24 maja. 1 października 1917 roku władze niemieckie cały zarząd nad szkolnictwem, w tym i szkolnictwem wyższym, przekazały Departamentowi Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, który podlegał Radzie Regencyjnej. Szefem tej Rady został inż. Antoni Ponikowski, późniejszy rektor Politechniki Warszawskiej.
W 1917 roku Patschke pracował jednocześnie w Departamencie Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego Tymczasowej Rady Stanu. Głównym jego dokonaniem było przekazanie szkolnictwa pod nadzór polski. Rok akademicki 1917/1918 rozpoczął się dopiero 7 listopada. W połowie miesiąca odbyły się pierwsze na uczelni wybory rektora, został nim ponownie Patschke, a prorektorem zaś Z. Straszewicz.