bakterie (Bacteria) – poza właściwymi bakteriami obejmuje sinice i prochlorofity archeony (Archaea) – obejmuje organizmy prokariotyczne o budowie wyraźnie odmiennej od bakterii eukarionty (Eucarya) – obejmuje około 60 niezależnych linii rozwojowych zgrupowanych prowizorycznie w cztery królestwa: protisty (Protista) grzyby (Fungi) rośliny (Plantae) zwierzęta (Animalia)
Podział ten został dokonany jedynie na podstawie porównania sekwencji rRNA, ale następnie znaleziono liczne fakty pasujące do niego. Z punktu widzenia biochemii i fizjologii komórek archeony są bardzo odmienne od bakterii właściwych, niektóre cechy zbliżają je do jądrowców.
Alternatywne podziały Istnieje też alternatywny podział na dwa cesarstwa (Prokaryota [Bacteria] i Eukaryota) z sześcioma królestwami, zaproponowany przez Thomasa Cavaliera-Smitha w 2004. cesarstwo: bakterie (Bacteria) – w pierwotnej wersji Prokaryota z królestwem Bacteria: eubakterie (Eubacteria) archeony (Archaea) cesarstwo: eukarionty (Eukaryota): – prymitywne eukarionty bez chloroplastów i mitochondriów Protozoa – jednokomórkowce bez ścian komórkowych, ale z mitochondriami chromisty (Chromista) – głównie glony i niektóre grzyby rośliny (Plantae) – łącznie z zielonymi glonami grzyby (Fungi) zwierzęta (Animalia).