Tereny przyłączone do Rzeszy leżały na obszarze katolickich diecezji poznańsko-gnieźnińskiej, chełmińskiej, katowickiej oraz włocławskiej oraz po części diecezji: częstochowskiej, kieleckiej, krakowskiej, łomżyńskiej, łódzkiej, płockiej i warszawskiej. Ludność je zamieszkująca została przeznaczona do zgermanizowania. Polski Kościół katolicki miał zostać wyeliminowany, chociaż pozwolono na działalność duchowieństwa i wiernych niemieckojęzycznych i na swobodne osiedlanie się katolików z Rzeszy.
Dla Hitlera Polska stała się terenem do skolonizowania przez element niemiecki. W rozumieniu ideologii nazistowskiej niżsi kulturowo Polacy mieli zostawić przestrzeń dla rasy panów. Zaraz po zajęciu Polski Heinrich Himmler otrzymał urząd komisarza Rzeszy dla wzmocnienia rasy niemieckiej. Germanizacja na szeroką skalę rozpoczęła się w grudniu 1939 wywózką mężczyzn, kobiet i dzieci. Namiestnik Rzeszy w Kraju Warty Arthur Greiser, zachęcany przez wysokich dygnitarzy zza Odry – Reinharda Heydricha i Martina Bormanna – rozpoczął atak na Kościół. Skonfiskowano własność i fundusze, rozwiązano organizacje kościelne. Według Evansa: „liczni duchowni, zakonnicy, pracownicy administracji kościelnej i urzędnicy zostali aresztowani, deportowani do Generalnej Guberni lub wywiezieni do obozów koncentracyjnych na terenie Rzeszy, albo nawet rozstrzelani.