Na okręcie doszło do kolejnych zmian personalnych. Wiązały się one z przejściem dowódcy – starszego porucznika Pontaka do Sztabu Floty. Jego miejsce zajął dotychczasowy zastępca starszy porucznik Puurand, zaś stanowisko zastępcy przejął oficer specjalista porucznik Valdre. Oficerski wakat zapełnił porucznik Leopold Loodus.

Wojna i naciski ZSRR thumb|„Kalev” na karcie pocztowej Polski okręt podwodny ORP „Orzeł” wpłynął na redę tallińską 14 września 1939 roku w celu dokonania drobnych napraw i wysadzenia chorego dowódcy. Pod naciskiem ambasadora III Rzeszy „Orzeł” został internowany i rozpoczęło się jego rozbrajanie. Okręt uciekł nocą 18 września. Udana ucieczka spowodowała, że Estończycy przemalowali na czarno własne okręty podwodne. Dodatkowo do stanu uzbrojenia weszło 14 torped 533 mm wyładowanych z polskiej jednostki, które mogły zostać użyte na „Kalevie” i „Lembicie”. Było to znaczne zwiększenie zapasów, bowiem od Brytyjczyków, wraz z okrętami, zakupiono jedynie 8 torped kalibru 533 mm oraz 3 torpedy 457 mm.