W owym czasie w rejonie wioski działały siły Arabskiej Armii Wyzwoleńczej, które sparaliżowały żydowską komunikację w całym regionie. Na północ od Jerozolimy pozostała izolowana żydowska enklawa osad Atarot i Newe Ja’akow. Aby uzyskać z nimi komunikację, pod koniec kwietnia 1948 roku przeprowadzono operację Jewusi. W jej trakcie doszło do ciężkich walk o wioskę, w których zniszczeniu uległo wiele budynków. Na samym początku I wojny izraelsko-arabskiej w maju 1948 roku wioskę zajęły oddziały jordańskiego Legionu Arabskiego. Po wojnie wieś weszła w skład terytorium okupowanego przez Transjordanię.
Podczas wojny sześciodniowej w 1967 roku wioskę zajęły wojska izraelskie. Podczas wojny większość mieszkańców została zmuszona do ucieczki, a ich miejsce zajęli uchodźcy. Bajt Iksa znalazła się na okupowanym przez Izrael terytorium Zachodniego Brzegu Jordanu. W wyniku zawartego w 1993 roku Porozumienia z Oslo, utworzono Autonomię Palestyńską. Wioska Bajt Iksa weszła wówczas w skład Strefy C, w której cywilną administrację oraz sprawy bezpieczeństwa sprawowali Izraelczycy.