10 grudnia, ze względu na niewystarczające zasoby ludzkie przewoźnika, doszło od podpisania umowy pomiędzy Małopolskim Urzędem Marszałkowskim i Przewozami Regionalnymi i Kolejami Małopolskimi, na mocy której PR przejęły od KMŁ z powrotem obsługę linii Kraków Główny – Sędziszów oraz liczba połączeń, które przejęły KMŁ od PR na trasie Kraków Główny–Tarnów została zmniejszona. Umowa z Kolejami Małopolskimi została zawarta na 10 lat (z opcją na 5 dodatkowych), a z Przewozami Regionalnymi na 3 lata (z opcją na 3 dodatkowe). W ramach nowego rozkładu przewoźnik uruchomił również weekendowe nocne połączenia na trasie Kraków Główny–Wieliczka Rynek Kopalnia. Ze względu na przejęcie połączeń do Sędziszowa przez Przewozy Regionalne jednostki Acatus Plus użytkowane dotychczas przez KMŁ zostały przekazane PR.
2017 24 lutego na dworcu Kraków Główny odbyło się uroczyste zakończenie dostaw Impulsów.
10 sierpnia spółka przewiozła 10-milionowego pasażera.
Na początku sierpnia 2017 Koleje Małopolskie rozpoczęły jazdy testowe zespołów 14WE-04 i 06 należących do Industrial Division.