Wraz z pozostałymi rodzinami wojskowych z pułku, we wrześniu 1939 roku, Ludwik Misiek wraz z matką i młodszym rodzeństwem zostali ewakuowani pociągiem do Lwowa. 9 września 1939 r., po dotarciu na stację Komarno-Buczały, transport z uchodźcami został zbombardowany przez 6 niemieckich bombowców Heinkel He 111. W masakrze zginęło 116 osób, w tym brat Ludwika, JanMisiek, L., Lotnicze historie, Poznań 2005, s. 30–37..
Rodzina Misieków została zakwaterowana w Katarynicach, skąd w listopadzie 1939 r. przeniesiono ich do klasztoru oo. Zmartwychwstańców we Lwowie. W kwietniu 1940 r. Misiek został aresztowany na ulicy przez ukraińską milicję. Powodem aresztowania był noszony przez Ludwika mundurek gimnazjalny, a oficjalnym zarzutem było trudnienie się spekulanctwem. Dostarczono go na przesłuchanie do więzienia NKWD w byłym klasztorze Brygidek, gdzie był przesłuchiwany przez komisarza Iwana Sierowa. Przesłuchanie odbywało się bez obecności protokolanta – Sierow wypytywał Misieka o zwyczaje społeczne, życie towarzyskie i uroczystości państwowe w przedwojennym Pleszewie.