Organizacja Na czele trybunału stał dominikański inkwizytor wywodzący się z lombardzkiej prowincji zakonnej. Rezydował on w konwencie S. Domenico w Modenie. Jurysdykcji inkwizycji modeńskiej podlegały diecezja Modeny, opactwo terytorialne Nonantola, prepozytura Carpi oraz okręg Garfagnana, który pod względem kościelnym był podzielony między diecezje Lukki i Sarzany. Inkwizytor miał jednego zastępcę w randze wikariusza generalnego, a oprócz tego podlegało mu 43 wikariuszy rejonowych, reprezentujących go na prowincji.
Poniżej lista wikariatów rejonowych podległych inkwizytorowi Modeny: W diecezji Modeny – 27 wikariatów: Finale Emilia, Buonporto, S. Cesareo, Cittanova, Coscogno , S. Felice, Fiumalbo, Formiggine, Frassinoro, Guiglia, Maserno, Monchio, Montegibbio, Montale, Pazzano, Pelago, Polinago, Renno, Rubbiano, Semelano, Spilamberto, Soliera, Sorbara, Torre in Spezzano, Veriga, Vesale, Vignola, Na terytorium opactwa Nonantola – 11 wikariatów: Nonantola, Camposanto, Camurana, Castelvetro, Cavezzo, Crevalcore, Fanano, Panzano, S. Pietro in Edda, S.