W kolejnych latach z powodu braku jedności i porozumienia wśród obozu rządzącego Scott zmieniał frakcje i partie, aż wreszcie w 2001 roku ostał w ugrupowaniu Front Patriotyczny przewodzonym przez Michaela Satę, szybko stając się jego zaufanym współpracownikiem. W 2011 roku, kiedy Sata objął urząd prezydenta, mianował Scotta wiceprezydentem państwa. Ponadto powierzano mu często reprezentowanie Zambii w wyjazdach zagranicznych.
28 października 2014 roku, kiedy prezydent Sata niespodziewanie zmarł w wieku 77 lat, Scott do czasu nowych wyborów prezydenckich na początku 2015 roku przejął obowiązki prezydenta kraju. Wydarzenie to wywołało zainteresowanie nie tylko w Afryce, ale i na świecie, gdyż Scott reprezentował nieliczną w Zambii (na tle innych krajów Afryki Południowej wręcz znikomą) białoskórą mniejszość i był on pierwszym od 1994 roku, kiedy to urzędowanie zakończył Frederik de Klerk, białoskórym przywódcą afrykańskiego państwa.