Muzeum otrzymało także od Karola Soczyńskiego, spadkobiercy dziedziców Lusiny, zdekompletowany tryptyk rzeźbiarski, zwany tryptykiem z Lusiny. Jego zewnętrzne skrzydła były własnością Józefa Jerzmanowskiego, który także zdecydował się ofiarować je Towarzystwu. Na początku lat 60. muzeum otrzymało w depozyt zabytki cechów pasamoników, kurdybaników, farbiarzy, barchaniarzy i tkaczy.
Pod koniec 1858 roku zorganizowana została wystawa starożytności i zabytków sztuki, której najważniejszym eksponatem był wspomniany posąg Światowida. Jednym z celów wystawy było pozyskanie zbiorów dla muzeum, jednak muzeum nie udało się pozyskać żadnego większego daru czy depozytu.
Zbiory muzeum mieściły się w Bibliotece Jagiellońskiej. Gdy w 1856 roku Towarzystwo uzyskało niezależność od Uniwersytetu, starano się wydzielić kolekcję Towarzystwa ze zbiorów uniwersyteckich, co udało się w 1863 roku i zabytki przewieziono do gmachu przy ul. Sławkowskiej 17. W 1891 roku przeprowadzono reorganizację zbiorów Muzeum Starożytności i w ramach Akademii Umiejętności powołano Muzeum Archeologiczne.