W 1934 roku Waganowa została uhonorowana tytułem Ludowej Artystki RFSRR. Była jednym z najwybitniejszych pedagogów tanecznych swojej epoki i najwybitniejszym pedagogiem rosyjskim (sama była uczennicą takich nauczycieli jak: Lew Iwanow, Pawieł Gierdt, Nikołaj Legat i Olga Prieobrażenska). Była nauczycielką wielu wybitnych tancerek baletowych, m.in.: Galiny Ułanowej, Mariny Siemionowej, Tatjany Wieczesłowej, Mai Plisieckiej, Natalii Dudinskiej, Fiei Bałabiny, Iriny Kołpakowej, Ninel Kurgapkiny, Olgi Iordan, Marii Mazun, Ałły Osipienko, Helēny Tangijevej-Birzniece, Ałły Szelest. W latach 1920–1950 wszystkie wielkie baleriny Leningradzkiego Państwowego Akademickiego Teatru Opery i Baletu były wychowankami Waganowej.
Waganowa została pochowana na Litieratorskich mostkach na cmentarzu Wołkowskim w Petersburgu.
Upamiętnienie 1 listopada 1957 roku Państwowy Leningradzki Instytut Choreografii (poprzednio Piotrogrodzka Państwowa Szkoła Baletowa) otrzymała imię wybitnej rosyjskiej tancerki i pedagog. Od 1991 roku uczelnia jest znana jako Akademia Baletu Rosyjskiego im. Agrippiny Waganowej (ros. Академия Русского балета имени А. Я. Вагановой).