W swojej pracy naukowej zajmował się głównie projektowaniem i konstruowaniem precyzyjnych przyrządów pomiarowych. Większość z nich służyła do obserwacji astronomicznych. Jako że był wszechstronnie wykształcony, publikował prace z różnych dziedzin nauki, nie ograniczając się do astronomii i matematyki, którymi zajmował się na co dzień. Publikował w Philosophical Transactions of the Royal Society56 Prominent Jesuit Geometers.. W sferze jego zainteresowań leżały także nauki przyrodnicze i logika. Napisał na przykład studium poświęcone oczom złożonym, które zostało później przetłumaczone z łaciny na francuski przez Buffona. Wyniki badań i prac prowadzonych przez de Gottignies’a przyniosły mu uznanie innych uczonych. Korespondował między innymi z dyrektorem obserwatorium paryskiego, Giovannim Cassinim. Ich listy dotyczące badań nad Jowiszem zostały opublikowane drukiem w 1665 roku.
Najważniejsze prace 1665: Astronomicae epistolae duae, Bolonia, 1669: Elementa geometriae planae, Rzym, 1675: Logistica, Rzym, 1676: Arithmetica introductio, Rzym, 1677: Logistica idea