Kariera polityczna W wyborach w 1996 został wybrany posłem z listy Izraelskiej Partii Pracy. W czternastym Knesecie przewodniczył podkomisji służby zagranicznej, a także zasiadał w komisjach edukacji i kultury oraz komisji wspólnej ds. budżetu obronnego. Był też zastępczym członkiem komisji spraw zagranicznych i obrony. W kolejnych wyborach w 1999 Partia Pracy połączyła siły z partiami Meimad i Geszer tworząc koalicję Jeden Izrael. Ben Ammi uzyskał reelekcję z jej listy, a w Knesecie piętnastej kadencji zasiadał w dwóch komisjach – spraw zagranicznych i obrony oraz konstytucyjnej, prawa i sprawiedliwości. W powołanym 6 lipca 1999 rządzie Ehuda Baraka objął fotel ministra bezpieczeństwa wewnętrznego, zastępując na tym stanowisku. 2 listopada 2000 objął również, opuszczone kilka miesięcy wcześniej przez Dawida Lewiego Ministerstwo Spraw Zagranicznych. Był jednym z głównych graczy na serii izraelsko-palestyńskich konferencji pokojowych, w tym szczycie w Camp David. Na obu stanowiskach ministerialnych pozostał do czasu upadku koalicji i zakończenia misji premiera przez Baraka – 7 marca 2001. W kolejnym rządzie następcami Ben Ammiego w kierowanych przez niego resortach zostali odpowiednio Uzzi Landau i Szimon Peres.