W latach 1969–1975 pojawiły się pierwsze Jego książki. W roku 1969 – napisana wspólnie z E. Olearczukiem i W. Żelazowskim : „Elementy Nauki o Eksploatacji Urządzeń”, w 1970 r.: „Cybernetyka walki” i „Wstęp do teorii eksploatacji urządzeń”, w roku 1975: „Sterowanie eksploatacją urządzeń” i „Podstawy eksploatacji urządzeń”.
W 1977 r. Józef Konieczny objął stanowisko Zastępcy Komendanta do spraw Naukowych w nowo utworzonym Instytucie Systemów Zabezpieczenia Technicznego Wojsk WAT (późniejszym Instytucie Logistyki WAT), w tym samym roku uzyskał drugi doktorat – nauk technicznych. Na okres pracy w Instytucie przypadł najpłodniejszy etap działalności badawczej, dydaktycznej i organizacyjnej. Zainteresowania naukowe skupiły się na „inżynierii systemów działania”, której podstawy tworzył i którą rozwijał, skupiając wokół siebie grono młodych prężnych naukowców, wojskowych i cywilnych, z których wielu uzyskało w późniejszych latach tytuły profesorskie, pełniło funkcje szefów placówek naukowo- badawczych, prezesów stowarzyszeń, kierowników ważnych instytucji państwowych.