Po dotarciu do Makau Slavíček i Kögler otrzymali chińskie szaty i zostali ostrzyżeni zgodnie z miejscową modą. 3 lutego 1717 roku Karel został przedstawiony cesarzowi Kangxi. Jego umiejętności gry na szpinecie zrobiły duże wrażenie na władcy, który powierzył mu funkcję nadwornego muzyka. Nie zajmował się jednak tylko muzyką, bo już w pierwszym roku swojego pobytu w Pekinie, wykorzystując doświadczenie z Czech, stworzył dokładną mapę cesarskiej stolicy. Określił również dokładnie szerokość geograficzną miasta.
Slavíček poważnie podupadł na zdrowiu i aby móc się leczyć, musiał opuścić stolicę. W czasie jego choroby, w 1722 roku, zmarł cesarz Kangxi, a jego następca, Yongzheng, nie był tak przychylny wobec chrześcijan. Nowy władca zmusił wszystkich jezuitów, aby przenieśli się do stolicy. Karel, mimo problemów zdrowotnych, również musiał powrócić do Pekinu. Szybko nauczył się chińskiego i wrócił do swojej pracy naukowej. Napisał między innymi traktat poświęcony muzyce chińskiej, nie przetrwał on jednak do czasów współczesnych. Przymus przebywania w stolicy nie oznaczał jednak, że jezuici byli całkowicie odizolowani. Mogli bez przeszkód korespondować z Europą i Karel tak właśnie robił. Utrzymywał on kontakt między innymi ze Stéphane’em Soucietem i Guillaume’em Delisle’em.