Po śmierci króla Karola II w 1700 roku, Kresa powrócił do Pragi. Krótko po przybyciu obronił doktorat z teologii na Uniwersytecie Karola i zaczął wykładać także teologię. Oprócz tego udzielał prywatnych lekcji z matematyki i pełnił funkcję szefa wydziału matematyki. W pracy naukowej zajmował się przede wszystkim zagadnieniami związanymi z arytmetyką, logarytmami, trygonometrią, ułamkami, algebrą, astronomią oraz architekturą wojskową. Jeden ze studentów Jakuba, hrabia Ferdynand Herbert, zebrał część pism Kresy i opublikował je w 1711 roku na łamach Acta Eruditorum. Cesarz Leopold I wyznaczył Jakuba na osobistego spowiednika swojego syna, arcyksięcia Karola. Towarzyszył Karolowi w jego wyprawie po koronę hiszpańską i po jej sukcesie, do 1713 roku przebywał na półwyspie Iberyjskim. Następnie powrócił do Czech, gdzie rozpoczął współpracę z innym jezuitą, matematykiem Karelem SlavíčkiemČeský jezuita na čínském dvoře cinsky.cz. Zmarł w Brnie, w 1715 roku.