W postępowaniach tych Pirri uzyskał pełne wsparcie od markiza Franciszka II, jednak kiedy podjął próbę aresztowania jednego ze współpracowników markiza jako heretyka, został zmuszony do odstąpienia od oskarżeniaTavuzzi, s. 198-199.

Po utworzeniu w 1542 Kongregacji Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji przez papieża Pawła III zaczęła ona stopniowo przejmować kontrolę nad działalnością trybunałów inkwizycyjnych we Włoszech. W 1566 papież Pius V nadał inkwizytorom mantuańskim stałą pensję z dochodów diecezji, a rok później Kongregacja przejęła prawo nominacji inkwizytorskich w Mantui. Pierwszym inkwizytorem mianowanym przez Kongregację był Camillo Campeggio w 1567, który już rok później został biskupem Sutri e Nepi, a zastąpił go inny dominikanin Benedetto Erba. W latach 1568–1570 w Mantui odbyło się osiem uroczystości auto da fe, na których skazano łącznie 41 osób, z czego cztery stracono a osiem innych potępiono zaocznie. Represje te w zasadzie wyeliminowały wpływy reformacji w Mantui. Jednocześnie dalej trwały procesy o czary. Pomimo instrukcji Kongregacji Świętego Oficjum, reprezentujących dość sceptyczne nastawienie do kwestii czarów, w Mantui jeszcze w latach 1595–1600 spalono trzy domniemane czarownice.