W 1498 okręg Brescii i Bergamo został podzielony na dwa samodzielne trybunały. Pod koniec XV wieku i na początku XVI wieku działalność trybunału inkwizycji w diecezji Brescii koncentrowała się na ściganiu rzekomych czarownic, szczególnie w alpejskich dolinach, takich jak Valcamonica. Jednak największe polowanie na czarownice w Valcamonica w 1518, w wyniku którego spalono około 70 osób, było w przeważającej mierze dziełem delegatów biskupa Brescii Paolo Zane, z minimalnym jedynie współudziałem dominikańskiej inkwizycji. Procesy te zostały wstrzymane na skutek interwencji władz Republiki Weneckiej, które już wcześniej demonstrowały sceptycyzm wobec teologicznej koncepcji realności zbrodni czarów.
W 1512 Brescia i Bergamo zostały połączone unią personalną, ale ok. 1515 rozdzielono je już na stałe.
W 1548 pod naciskiem władz Republiki Weneckiej zreorganizowano trybunał w Brescii, poprzez wprowadzenie do składu trybunału świeckich urzędników. Dwa lata później w Brescii stracony został Francesco Calcagno, skazany za bluźnierstwo i sympatie proluterańskie. Formalnie wyrok ten wydał jednak trybunał inkwizycji z Wenecji, który przejął sprawę od inkwizytora Brescii.