rząd USA wyszedł z założenia, że lepiej pozwolić na przejęcie władzy przez religijnych fundamentalistów, których nie uznawano za szczególne zagrożenie, niż na taki przebieg wydarzeń w kraju, który mógłby dać władzę komunistom. Szapur Bachtijar nie zdołał uniemożliwić powrotu ajatollaha Chomejniego do Iranu. Natychmiast po przybyciu do Teheranu duchowny ogłosił, że rząd Bachtijara był nielegalny i 5 lutego 1979 utworzył rewolucyjny Rząd Tymczasowy i tajną Radę Rewolucyjną. 11 lutego armia irańska ogłosiła neutralność w konflikcie wewnętrznym, co w praktyce oznaczało odstąpienie od obrony dotychczasowego systemu władzy. Szapur Bachtijar razem z całym rządem podał się do dymisji. Przez pewien czas ukrywał się w Teheranie, następnie zaś zbiegł do Francji.
Emigracja thumb|right|200px|Grób Bachtijara na cmentarzu Montparnasse We Francji starał się skupić wokół siebie zjednoczoną opozycję przeciwko rządom fundamentalistów w Iranie. Utworzył rząd emigracyjny i z własnej kieszeni płacił powołanym do niego politykom za udział w działalności opozycyjnej. Prowadził emigracyjną irańską radiostację i gazetę. Wypłacał również stypendia grupie emigracyjnych irańskich poetów, dziennikarzy, pisarzy i naukowców.