Działania II wojny światowej hala przetrwała niemal bez uszczerbku. Zniszczony został jedynie odcinek attyki w zachodniej części ściany północnej, a pociski broni ręcznej i maszynowej podziurawiły cegły elewacji i blaszane pokrycie dachu
Po wojnie hala nie była traktowana jako obiekt wartościowy, lecz jako wytwór pruskiej architektury. W końcu lat 60. Wojewódzkie Zjednoczenie Handlu usiłowało wyburzyć halę i na jej miejscu zbudować supersam, jednak wpis do rejestru zabytków uratował budynek.
W 1999, w trakcie ostatniej renowacji, podczas badań archeologicznych odkryto pozostałości osady targowej, fundamentów romańskiego kościoła św. Mikołaja (datowanego na 1170), cmentarza przykościelnego liczącego ponad 400 pochówków oraz pozostałości fundamenów klasztoru dominikanów. Znalezione zabytki zostały w części zabezpieczene i przykryte posadzką, a częściowo są obecnie wyeksponowane w dolnej części hali. Podczas trzech lat prac archeologicznych, pod halą i pod powierzchnią placu Dominikańskiego, znalezione zostały szczątki kilku tysięcy pochowanych gdańszczan. Od początku 2001 do sierpnia 2005 hala była nieczynna i przeszła wówczas kapitalny remont z odrestaurowaniem.