W Grazu przebywał do 1617 roku, by w 1618 roku wyruszyć wraz z Nicolasem Trigaultem na misję na Daleki Wschód; Trigault odniósł spory sukces rekrutując grupę zdolnych i wykształconych misjonarzy, w tym czterech naukowców: Adama Schalla, Johanna Schrecka, Giacomo Rho i samego Kirwitzera, który wyróżniał się m.in. jako znajomy Galileusza i Keplera. Misjonarze wypłynęli w kwietniu z Lizbony na pokładzie statku „San Carlos”. W czasie podróży prowadzili liczne obserwacje astronomiczne, pomiary deklinacji magnetycznej i zbierali próbki flory, prowadząc niemalże „ruchome laboratorium” oraz nauczali się nawzajem matematyki.
Grupa dotarła do Makau w 1620 roku. Kirwitzer przebywał tam do 1622 roku, po czym prawdopodobnie został wysłany na misję do Guangdongu, skąd wrócił w październiku 1625 roku, z powodu złego stanu zdrowia. Podczas łącznie czteroletniego pobytu w Makau pełnił posługę religijną i sporządzał roczne raporty o misji do Rzymu;