Jej pierwsza znacząca ingerencja na terenie Pawii miała miejsce w 1568, gdy pod wpływem podejrzeń o symonię i nadużywanie swej funkcji odwołała z urzędu inkwizytora Pietro Soleri da Quinzano.
Trybunał inkwizycji w Pawii został zlikwidowany w latach 1774–1775. Po śmierci inkwizytora Antonio Bossio w 1774 rząd w Wiedniu, któremu od 1714 podlegało księstwo Mediolanu, nie zgodził się na objęcie urzędu przez jego następcę, a 9 marca 1775 cesarzowa Maria Teresa Habsburg wydała dekret, na mocy którego trybunał w Pawii został ostatecznie zniesiony.
Organizacja Siedziba trybunału mieściła się w dominikańskim konwencie S. Tommaso w Pawii, który od 1530 należał do prowincji zakonnej Obojga Lombardii. Inkwizytor wywodził się zawsze z tego zakonu. Podlegała mu diecezja Pawii. W stolicy diecezji zastępował go wikariusz generalny, a na prowincji tzw. wikariusze rejonowi, wywodzący się zarówno z kleru zakonnego, jak i świeckiego. Materialnego wsparcia udzielało inkwizytorowi świeckie Bractwo Świętego Krzyża (crocesignati). Trybunał dysponował własnym więzieniem, które zostało zburzone w 1769.