W drugiej połowie XII w. arcybiskupi magdeburscy zbudowali nowy, kamienny zamek (zwany później Zamkiem Górnym, Oberburg). Składał się on wówczas z pierścienia murów obronnych umocnionego dwiema wieżami oraz części rezydencyjnej z reprezentacyjną wieżą mieszkalną i kościołem. W 1215 roku, podczas wojny Staufów z Welfami, zamek oblegał król Fryderyk II Hohenstauf. W latach 60. XIV w. Zamek Górny został rozbudowany (nadano mu przy tym charakter gotycki). Wkrótce potem zamek stał się główną siedzibą arcybiskupów. W połowie XV w. wzniesiony został Zamek Dolny (Unterburg).
Koniec świetności zamku Giebichenstein nastąpił w pierwszych latach XVI w. W 1503 roku arcybiskup Ernest Wettin zakończył budowę nowej rezydencji Moritzburg w pobliskim Halle, gdzie arcybiskupi się przenieśli, a zabudowania mieszkalne w Giebichenstein poczęto przekształcać na cele gospodarcze. W okresie wojny trzydziestoletniej zamek, na którym stacjonowały szwedzkie wojska, padł ofiarą pożaru - zniszczeniu uległ cały Górny Zamek i część Dolnego. Po tym wydarzeniu Górny Zamek ostatecznie porzucono i pozostał w stanie ruiny.