Do kolejnego kryzysu doszło po śmierci Azza VIII w 1308 roku. Przed śmiercią próbował on przekazać władzę nad Ferrarą swemu wnukowi Fulko, czym wywołał sprzeciw swoich braci. Franciszek zwrócił się wówczas o pomoc do Padwy i papieża. Ostatecznie Frescowi, nieślubnemu synowi Azza, VIII udało się utrzymać w Ferrarze przy pomocy Wenecjan do października 1308 roku. W październiku jego syn Fulko wezwał na pomoc wojska weneckie. W 1310 roku Wenecjan wyparły z Ferrary wojska papieskie. Na kilka lat Ferrara znalazła się pod bezpośrednim zarządem papieża. Prawdopodobnie w tym czasie zbiegł do Bolonii, razem z bratem.
Na skutek powstania ludowego z 1317 roku władza została przywrócona w ręce rodu d’Este. Po wypędzeniu papieskiego zarządcy w Ferrarze przywrócono signorię, którą powierzono synom Franciszka d’Este: Azzowi IX i Bertoldowi oraz synom Aldobrandina: Rinaldowi II, Mikołajowi I i Obizzowi III. Azzo IX zmarł w 1318 roku, Bertoldo w 1343 roku. Rinaldo, mianowany w 1329 roku na dziesięć lat wikariuszem papieskim w Ferrarze, zmarł w 1335 roku. W 1333 roku walczył o miasto z Bertrando del Poggetto, legatem papieskim i dostał się do niewoli, z której oswobodził go brat Rinaldo (zmarły 2 lata później w walce o Modenę).