Kolejnymi wyniesionymi do chwały ołtarzy, byli: św. Agapit (535-536) i jego bezpośredni następca św. Sylweriusz (536-537). Do końca pierwszego tysiąclecia jeszcze 20 innych biskupów Rzymu zostało wyniesionych na ołtarze (od 1234 sformułowano kult, jako beatyfikację i kanonizację); ostatnim był św. Hadrian III (884-885). Świętymi z tego okresu zostali m.in. Grzegorz I (590-604), Marcin I (649-655), męczennik, uprowadzony z Rzymu na rozkaz cesarza wschodniego Konstansa, zamęczony w Chersonezie na Krymie i św. Mikołaj I Wielki (858-867).
W drugim tysiącleciu zaczęto wypracowywać coraz bardziej rygorystyczne i sztywne zasady uznawania za świętych. Po wprowadzeniu w XVII w. obowiązujących do dziś dwóch etapów tej procedury: beatyfikacji i kanonizacji, liczba papieży wyniesionych na ołtarze znacznie zmalała. Pierwszym biskupem Rzymu, ogłoszonym świętym w II tysiącleciu, był Leon IX (1049-1054), po nim Grzegorz VII (1073-1085) ale na następnego trzeba było czekać do końca XIII w. Został nim Celestyn V (1294), pierwszy papież, który ustąpił z urzędu. Do końca drugiego tysiąclecia kanonizowano ponadto dwóch papieży: Piusa V (1566-1572), reformatora Kurii Rzymskiej i głównego realizatora soboru trydenckiego oraz Piusa X (1903-1914).