W wieku dwudziestu lat wyjechał do Meksyku, gdzie przez kilkanaście miesięcy trenował w akademii młodzieżowej stołecznej ekipy Club América, lecz nie potrafił się przebić do pierwszego zespołu i występował najwyżej w trzecioligowych rezerwach o nazwie América Coapa.
W marcu 2011 Farfan podpisał profesjonalny kontrakt z występującym z najwyższej klasie rozgrywkowej klubem Philadelphia Union, dołączając do grającego w tym zespole swojego brata bliźniaka Michaela Farfana. W Major League Soccer zadebiutował 19 marca 2011 w wygranym 1:0 spotkaniu z Houston Dynamo i szybko wywalczył sobie miejsce w wyjściowym składzie. Premierowego gola w lidze strzelił 28 maja tego samego roku w wygranej 6:2 konfrontacji z Toronto FC, a ogółem w Union występował przez ponad dwa lata bez większych sukcesów. W maju 2013 przeniósł się do Chivas USA w zamian za możliwość wyboru w pierwszej rundzie MLS SuperDraft. Jego barwy reprezentował przez kilka kolejnych miesięcy jako podstawowy piłkarz, jednak nie potrafił osiągnąć żadnych sukcesów.