Podczas arabskich zamieszek w Palestynie (1929 r.) kilku mieszkańców Kalunji wdarło się do sąsiedniego żydowskiego osiedla Moca i zaatakowało odosobniony dom należący do rodziny Maklef – zginął ojciec, matka, syn, dwie córki i ich dwoje gości. Troje dzieci uciekło przez tylne okno i dzięki temu przeżyło. Jednym z nich był Mordechaj Maklef. Napastnicy zabili także samotnego policjanta i pasterza zatrudnionego przez rodzinę Maklef.
Przyjęta 29 listopada 1947 roku Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181 zakładała podział Palestyny na dwa państwa: żydowskie i arabskie. Plan podziału przyznawał obszar wioski Kalunja państwu arabskiemu. Żydzi zaakceptowali plan podziału, jednak Arabowie doprowadzili dzień później do wybuchu wojny domowej w Mandacie Palestyny. Już w grudniu 1947 roku wieś zajęły arabskie milicje, które atakowały żydowską komunikację w okolicy. Z tego powodu siły żydowskiej organizacji paramilitarnej Hagana przeprowadziły operację Nachszon, podczas której 11 kwietnia 1948 roku siły Palmach zajęły wieś. Wysiedlono wówczas wszystkich jej mieszkańców, a większość budynków wyburzono.